孙彤宇在阿里巴巴历史上扮演着至关重要的角色，他是仅次于马云的二号人物，也是淘宝网的创建者。
孙彤宇在阿里巴巴的工号是“2”，马云是“1”，孙彤宇的网名是“财神”。马云总是对孙彤宇的出色执行能力赞不绝口。阿里巴巴最早的盈利也是在孙彤宇的销售团队中实现的。
这位重要人物却被突然宣布在2007年12月24日“离岗进修”。事先没有任何预兆。据知情人士透露，当集团高管在淘宝网宣布孙彤宇离职的消息时，孙彤宇在演讲中难以控制自己的情绪，失声痛哭。
孙彤宇在1995年认识马云。据他说，当时他第一次听说互联网和马云的中国黄页公司，便以拉广告为由前去一探虚实，实际上是为了满足自己的好奇心。广告并没有拉成，因为马云没钱，反而把自己搭了进去。1996年，他正式加入中国黄页。
1998年，孙彤宇作为马云创业团队的核心成员奔赴北京，并开始跟随马云建设外经贸部官方网站以及中国商品网上交易市场。随后于1999年与马云回到杭州，利用建设外经贸部网站的经验，从无到有创建了阿里巴巴网站。
2003年4月14日，阿里巴巴已经初具规模后，孙彤宇在马云的指派下开始负责淘宝网创业团队，并在三年内将淘宝网打造成中国最大的C2C网站。从创业第一天起，孙彤宇就把淘宝视为自己的孩子。淘宝也启发了孙彤宇的商业意识——七人团队建立了淘宝商业模式和“倒立文化”。2007年，淘宝的市场份额达到80%，打败了竞争对手eBay易趣，并在商战中培养出一支执行力很强的团队。
时任淘宝网总裁的孙彤宇说：“我和马云有很多共同点，比如都是内心火热的人，对公司的未来充满信心。他的战略眼光和学习能力都很强，而我的优势在于执行力。”
2007年12月24日，一切都发生了改变。在圣诞节前夕，孙彤宇突然被告知将由原支付宝总裁陆兆禧于2008年接任淘宝网总裁，而他则将出国学习。
此后，马云接受采访时说，他是让他们享受生活，理解生命和生活后再回来。有人将此解读为马云的“杯酒释兵权”。
据媒体报道，记者问孙彤宇：“(离开淘宝)你是不是被废了武功？”他笑着回答：“不是废了，而是武功过时了。”
在淘宝的最后一天，他给所有同事发送告别邮件，称他们为“我的战友，一起拼搏的战友”。他没有带走任何一位淘宝员工，尽管当时有淘宝员工表示愿意与他共进退。他在淘宝管理团队的一次会议上提出要求：“在淘宝，我还有一些目标没有实现，我希望你们能帮我完成。”
离开淘宝后，孙彤宇并没有出去享受生活，而是做了几个月的“宅男”，期间也有猎头公司电话找到他，邀请他去跨国电子商务公司任职，都被他一一拒绝。他有意远离电子商务领域，有记者偶尔打电话问他寻求对一个电子商务领域的看法。孙彤宇说，“现在我没什么意见，我都已经退出这个行业了。”
离开后，孙彤宇于2008年5月投资博卡思的教育软件，2009年初，一个名为盒子世界的儿童虚拟在线社区开始在网上运营。
孙彤宇从未把自己当作淘宝网的职业经理人。他说，“淘宝是我的孩子。”他偶尔也会在新公司里提到淘宝，内容是告诉其他人当初开发淘宝网时，整个团队连续几个星期不回家。困了就洗把脸，在房间里一躺……每当这个时候，他也感慨，现在的年轻人没有当年那么能吃苦。