《水浒后传》以《水浒传》结局为开篇，讲述了幸存梁山好汉远赴重洋开基立业的故事。活阎罗阮小七是首位出场人物。梁山凯旋后，阮小七被派往偏远荒蛮之地任地方官。然而他乡野粗人出身，在梁山统领水军尚且勉强合格，对地方治理毫无头绪。两个多月间，繁重的政务和乡民琐事让阮小七头昏脑胀，只能借酒消愁。他厌倦这种生活，日渐烦闷。
一段往事导致他丢官。当年攻破帮源洞时，阮小七兴致勃勃地穿着方腊的龙袍，引得众人哄笑。这一幕被蔡京爪牙王禀、赵谭看到，回朝后向蔡京告状。蔡京污蔑阮小七，皇帝将他罢黜为民。尽管遭到不公待遇，但阮小七却乐得回到石碣村过逍遥自在的生活。
阮小七重操旧业，与渔民兄弟饮酒寻欢，日子过得舒心。这惬意的生活因故人遭遇而被打碎。得知宋江、卢俊义等头领的结局后，阮小七心情沉重，带着香烛祭品前往梁山祭奠。看着茅草丛生、屋舍破败的大寨，阮小七想起昔日众兄弟聚义的热闹场景，不禁睹物思人、心生悲凉。祭奠后，他与伴当饮酒解闷，讲述着梁山昔日的辉煌。
济州府张知府巡察梁山。张知府曾与阮小七有过一面之缘。他早年在蔡京府中任干办，深得蔡京信任。后来，张干办前往梁山传达招安旨意，阮小七偷换了御酒，闹出不小风波，使张干办等人颜面尽失。数年后，张干办仗着蔡京势力，在济州府作威作福。这次巡察梁山，他意外遇到了昔日仇人。
张知府认出阮小七，怒火中烧，下令抓捕。阮小七怒火冲冲，与张知府发生口角。暴脾气的阮小七挥拳打死了张知府和衙役，带着老娘再次逃亡。逃亡途中，他巧遇了扈三娘的兄长扈成。两人交谈间，阮小七解开了关于一丈青扈三娘的一个谜团。
三打祝家庄后，宋江将生擒的扈三娘送回梁山，引发众头领争议。当时很多人猜测宋江看上了扈三娘的美色，想将其纳为压寨夫人。然而宋江最终却将扈三娘许配给了矮脚虎王英。有人认为是李逵当众指责宋江，使得宋江下不了台，才不得不放弃了娶扈三娘的打算。
但阮小七给出了不同的答案，为宋江澄清了误会。他告诉扈成，宋江将扈三娘交给宋太公看管时，就已经决定战后将她许配给王英，根本没有纳她为己有的想法。
随后，阮小七与扈成又遇到了母大虫顾大嫂和小尉迟孙新，得知了独角龙邹润在登云山占山为王的消息。阮小七等人杀了在登州为祸一方的孔目毛豸一家，留在了登云山，再次成为绿林好汉。登云山势力逐渐壮大，吸引了不少江湖豪杰，成为一个新的除暴安良的聚集地。登云山的崛起引起了朝廷的重视，多次派兵围剿，都被阮小七等人击溃。
之后，饮马川的扑天雕李应、入云龙公孙胜也来到登云山。众英雄相聚后，远赴重洋，帮助混江龙李俊在暹罗开基立业，阮小七担任水兵都总管。
参考书籍：《水浒后传》