关于进化论的核心观点：
（一）遗传变异
（二）自然选择
自《物种起源》问世后，达尔文已然认识到其著作的性，并预见到将遭遇巨大的阻力和反对。为了克服这些挑战，他投入了的时间来搜集证据并锤炼其逻辑性。
共同祖先学说
必须摒弃物种不变论的陈旧观念。通过对化石记录的深入研究，达尔文对拉马克的直生论（定向进化学说）和灾变论（骤变论）提出了质疑。他擅长运用假设-演绎法，不仅提供了地质学证据，还发展了通用的进化原理。达尔文强调，每个物种的变异性与其他物种的变异性是独立的。每个物种都有自己独特的进化速度，这种速度可能是缓慢的，也可能是快速的。他反对了生物进化速度一致的观点，认为“僵死的定律”关于发展的观念是不切实际的。
地质记录中，灭绝是达尔文理论的关键要素。与拉马克的观点相反，达尔文认为灭绝是进化的必然伴侣。他指出，当某些物种的环境条件不再适宜时，它们将逐渐消失。这不仅包括单个物种，还包括整个物种群。生物因素在进化过程中起着至关重要的作用，达尔文指出：“已经改进和改变的后代通常会促使亲种灭绝消失。”不同类群的物种也可以消灭某些物种。当主要类群灭绝时，如三叶虫，这是一个缓慢而渐进的过程，直至最后残存的物种也灭绝为止。
一旦达尔文放弃了物种恒定不变的概念，共同祖先学说便成为了连接整个生物界的桥梁。这一概念揭示了动物和植物无限多样性的内在联系。通过共同祖先的视角，复杂的生命之谜变得豁然开朗。这一观念如此引人入胜，因此达尔文将其视为金字塔的顶石，在《物种起源》的结语中总结道：“这种生命观展现了极其宏伟的气势，从极少或唯一的最初生命形式，经过进化的巨大力量，演变成了如今丰富多样、无穷无尽的物种世界。”
关于人类在自然界中的位置问题也随着共同祖先学说的提出而得到重新定义。达尔文强调人类并非特殊的创造物，而是生命主流的一部分。这一观点冲击了人类中心论的世界观，并要求重新评估人类在自然界中的地位。人类被视为与其他物种平等的存在，这一观念的冲击波至今仍未平息。
自然选择
到了1837年夏天，达尔文已是一位坚定的进化论者，他认识到物种是可以改变的，是通过自然过程繁衍的。这一变化是如何发生的以及促使物种变化的原因一直困扰着他。直到他读到马尔萨斯的人口论时，才悟出了自然选择的曲折过程。马尔萨斯的理论启发了达尔文关于生存竞争和有利变异的保存、不利变异的淘汰的思想。这一过程将形成新的物种。
自然选择的逻辑性
达尔文的自然选择学说由推理组成，基于种群生态学和遗传现象的五项事实。这些事实和推理共同解释了物种进化的过程。达尔文认识到同一物种个体间的竞争与物种间竞争的差异，并提出了自然选择的重要概念。他定义自然选择为“保存有利变异并放弃有害变异的现象”。
达尔文的影响
达尔文的进化论被誉为最伟大的科学之一。它不仅取代了某个科学学说，还要求人们重新思考关于世界和人类本身的观念。与物理科学的（如哥白尼、牛顿、爱因斯坦的理论）相比，达尔文涉及到了人类和最深层的问题。它代表了一种最先进的新世界观。
达尔文的变革彻底性体现在以下方面：
（1）用一个进化和发展的世界取代了静止的世界；
（2）证明了神创论的难以置信；
（3）揭示了宇宙目的论的错误；
（4）通过共同祖先学说破除了绝对人类中心论的借口；
（5）运用纯粹的唯物过程——自然选择来解释世界的设计；
（6）用种群思想代替了本质论。
达尔文的哲学方法论也进行了革新，如假设演绎法的运用、对预测的新评价以及将终极原因（进化）的研究引入科学之中。