裸藻水华的色彩，其绿色或蓝绿色的调子，虽与蓝藻所引发的水华相似，但辨识却较为困难。
裸藻作为一种具有鞭毛的藻类，具有趋光性，会呈现出独特的时间变化。"早清晚绿"的现象描述了其随时间而变化的行为：清晨时，池塘中裸藻数量较少，随着太阳的升起和光线的增强，它们逐渐到水体表面，至午后阳光最为强烈时，整个池塘被一层绿油油的油膜覆盖，形成小泡沫。裸藻的粘性较大，拨开后仍可察觉下面是一池清澈的水。
除了常见的绿色裸藻水华，其有时也会出现红褐色的"铁锈水"或酱油色。特别是在养殖的中后期及老化的池塘中，这一现象更为常见。裸藻对环境变化尤为敏感，一旦遭遇恶劣天气或环境剧变，其可能比蓝藻、绿藻等更易出现集体死亡的现象，有时一场大雨便足以使其消失。
相比之下，蓝藻则在水体中保持较为均匀的分布。在被打捞起来的水中，颜色一致，且不会产生小泡泡。通过显微镜观察，可以发现蓝藻是固定不动的，而裸藻中的大多数则可以活动。
裸藻与蓝藻在多个方面存在显著差异。
在细胞结构与形态上，裸藻作为单细胞原生生物，拥有鞭毛且无细胞壁。它兼具植物与动物的特性：既有进行光合作用的叶绿体，又能像动物一样通过细胞膜吸取水中的有机物。而蓝藻则是一类大型单细胞原核生物，无鞭毛，但含有叶绿素a并能进行产氧性光合作用，其细胞壁的化学组成与细菌相似。
在生存环境方面，裸藻偏爱静水且有机质丰富的环境，如水库和河沟。其适宜的温度范围广泛，尤其在春、夏、秋三季生长旺盛。而蓝藻则广泛分布于各种水体、土壤中，甚至在恶劣环境中也能生存。
至于水华特征，裸藻水华的颜色多变，且常在水体表面形成小泡沫。其对温度突变敏感，环境变化时易发生倒藻现象。而蓝藻水华则多呈蓝绿色且在整个水层中分布均匀。
在pH值方面，裸藻多生长在pH值介于6.5至8.5的水体中。相比之下，蓝藻大量繁殖时会使pH值上升到8.5以上。
处理难度上，裸藻因其趋光性和运动性而在用物杀灭时难以彻底清除。而蓝藻虽可能再次生长，但因其不具备裸藻的特性，处理相对容易。
总体而言，裸藻与蓝藻在多个方面存在明显差异。通过观察和测量这些特征，可以更准确地判断水体中的藻类种类。