蜂蜜酸败是其变质的显著标志。蜂蜜内部的酵母菌分解糖分会产生二氧化碳、酸类物质以及酒精。这会导致发酵，而蜂蜜的发酵往往伴随着大量气泡的生成。相较于平时的微小气泡，这些由发酵引起的气泡明显更大，外观上有着显著差异。当这些气泡出现时，蜂蜜会散发出一种酸味，这表明蜂蜜已经变质。随着变质的程度加深，酸味会逐渐增强，类似于馒头发酵后的酸味。
蜂蜜的质地变化也是其变质的标志之一。在正常情况下，蜂蜜是一种的液体。如果蜂蜜的质地变得稀薄，这也意味着它已经变质了。这主要是由于耐糖酵母菌的作用，它们会将蜂蜜中的糖分分解为酒精、二氧化碳和水。由于糖分的减少和水的生成，蜂蜜的质地变稀也就不难理解了。在变质的严重阶段，蜂蜜几乎只剩下水的成分了。
若发现蜂蜜带有浓郁的酒味，那么这同样说明它已经变质了。这种变化仍然归因于耐糖酵母菌的存在。它们会分解蜂蜜中的糖分产生酒精，导致蜂蜜有了酒的味道。随着变质的加深，酒味会越来越浓烈。如果蜂蜜仅有轻微的酒味，通过加热至60℃可以减缓其变质的速度。但若酒精味道强烈且伴随刺鼻或酸味时，说明蜂蜜已经完全变质，此时不应再食用。
关于蜂蜜的颜色变化也是其变质的一个信号。正常的蜂蜜颜色通常从水白色到深琥珀色不等，结晶后则可能呈现奶白色至咖啡间。如果蜂蜜出现发黑或其他异常颜色变化（除黑色外），这可能是由于污染或混合了其他物质所导致的。例如，使用铁器储存蜂蜜可能会导致其颜色发黑。一旦出现这样的颜色变化，就不应再食用该蜂蜜了。