自该剧开播以来，一直有观众对其剧情表达出一些质疑。其中，关于“闪回”过多、剧情拖沓以及配角戏份超过主角的讨论尤为突出。不少观众反映，在观看过程中，时常会因为一个长达一分钟的“闪回”而打断剧情的连贯性，甚至有时将播放速度调至1.5倍仍然感觉节奏过慢。
新京报记者通过细致的统计，揭示了《海上牧云记》自第11集至第70集中，“闪回”片段所占用的总时长，以及三位主角的戏份比例。数据显示，在这59集的剧情中，“闪回”次数不少于100次，总时长达到96分钟，相当于两集正片的长度；而三位主角在部分单集中的戏份时长甚至不足整集的一半。
该剧虽然有主线和三位主角，但在正片中，三位主角时常在多集中几乎完全消失，主线的戏份分布也显得不均衡。对此，资深编剧汪海林表示，即使是经验丰富的职业编剧也难以驾驭如此复杂的叙事结构。“如果只是简单地将原有故事扩充，即使画面再美，也难以掩盖故事本身的不足。”
以下是部分出现次数较多的“闪回”画面：
1. 穆如寒江在地下城向苏语凝深情表白：“此后一生，你是我的”，这一情节共出现了三次。
2. 虞心忌多次使用剑刺向使用魅术的牧云笙。
3. 少年南枯月漓掌掴少年苏语凝。
4. 牧云严霜装扮成瀚州女人“圆梦”的场景重复出现两次。
5. 少年苏语凝与少年穆如寒对话，“你有不想做的事吗？”这一问题也被提及两次。
在前十集中也有多次类似的“闪回”场景。例如，牧云勤刺杀银容的情节就多次被重现。