唐朝在消灭厥汗国和薛延陀汗国之后，为了更好地管理和控制漠北与漠南地区，相继设立了五大都护府。这五大都护府分别是单于都护府、云中都护府、燕然都护府、瀚海都护府以及安北都护府。
在公元630年，唐朝与薛延陀汗国联合攻打厥汗国，最终将其。唐朝接管了其漠南之地，如何妥善安置突厥部落成为了一个重要的问题。唐太宗审慎考虑后，决定采用一系列来管理这些突厥人。他主张保持其游牧传统，不强制改变其生活习俗，同时采取羁縻制度，就地安置突厥部落，并保留其部落，但会更换首领。
随着唐朝的进一步控制，649年，漠北的铁勒十一部纷纷臣服于唐朝。为了更好地控制大漠南北的各部落，唐朝设立了燕然都护府。燕然都护府虽名为在漠北设置，但实则其驻地却在漠南的受降城，第一任都护由扬州司马李素立出任。唐朝也将漠北的铁勒各部以都督府和州的称号进行册封，统一归属于燕然都护府的节制之下。
到了650年，唐朝彻底消除了厥的残余势力，对大漠南北的更加稳固。为了适应新的形势发展，唐朝的大漠羁縻府州进行了调整。在漠南地区，瀚海都护府的设立成为管理原厥和薛延陀各部的重要机构。契丹、奚等原属于薛延陀势力范围内的部落也被纳入唐朝的范围之内，并进行了新的册封和安置。
此后几年间，唐朝根据实际情况不断调整各大都护府的设置和管辖范围。在663年，由于燕然都护府鞭长莫及的问题，唐朝决定将其迁至漠北并改名为瀚海都护府。瀚海都护府的设立不仅体现了唐朝对漠北地区的实际控制力，同时也为回纥部等部落的稳定和发展提供了保障。此后又于669年将瀚海都护府更名为安北都护府。
随着后突厥汗国的崛起，大漠南北再次被突厥占据，唐朝的各大都督府撤销。直到后突厥后，单于都护府和安北都护府才得以重新恢复。此后回鹘汗国的大汗继续被册封为安北都护一职，而单于都护府也继续对漠南地区行使管辖权。