在皇宫的运作中，廷杖的流程显得格外严格和复杂，因为一个部门往往难以单方面独立完成整个程序。这个制度需要多个部门间的精密配合与协作。简而言之，皇帝会下令，司礼监会出驾帖，刑部会进行核验，东厂则负责监刑，而锦衣卫则负责执行行刑。
在《大明王朝1566》这部作品中，我们看到廷杖周云逸的场景，其中冯保作为东厂提督，肩负着监刑的重要职责。
接下来是廷杖的具体流程描述：
出驾帖环节
当皇帝决定对周云逸执行四十大棍的廷杖时，司礼监需制作一份详细的驾帖，明确指出周云逸因何事被处罚，并加盖司礼监的印信。
审核阶段
这份驾帖将交由刑科给事中进行审核。若给事中同意，则需签字盖章；若不同意，则会驳回驾帖，流程即告终止。
尽管给事中的官阶较低（在洪武时期为正九品），但他们拥有封驳诏旨和百官上奏的权力，是中备受尊敬但又令人敬而远之的存在。
其他环节
在廷杖流程中，还包括了缉拿、核对等步骤，锦衣卫将根据驾帖的要求缉拿周云逸，并将其到午门外。
执行地点与准备
廷杖的执行地点是午门外，而非宫城内。这里进行廷杖是为了避免对皇帝日常起居的打扰。为了减轻廷杖时的痛苦，大臣们会提前准备一些应对措施，但并非穿厚纸尿裤等简单垫护。
宣旨与包裹
当周云逸被锦衣卫到午门外时，会有两拨人提前在此等候。其中一方是负责监刑的东厂太监，另一方则是执行打人任务的锦衣卫。双方均穿红衣，各有三十人。司礼监将在此宣读周云逸受罚的原因及廷杖的次数。
之后，锦衣卫会使用厚麻布或棉布将周云逸从肩部至，确保其两臂不能动弹。再将双脚绑住，仅让屁股和大在外。如此包裹的目的是为了减少打人时的血肉和异味。
明杖的变化
在明朝前期，廷杖时不会脱去犯人的衣服。然而到了后期，大约从正德年间开始，廷杖需要脱去裤子。这一变化据传是刘瑾的主意，意在进一步羞辱读书人。
搁棍与行刑工具
在周云逸被包裹好后，监刑的太监会喊“搁棍”，随后锦衣卫会将大棍子搁在人犯的屁股上。在《大明王朝1566》中，可能是考虑到拍摄的场景考虑，选择搁在脖子上。
这根棍子并非普通棍子，而是用栗木制成的大铁棍子。因为栗木干了后硬如金刚，所以常被用作古代木锤的材料。行刑时所用的棍子一端会削成鼓槌状，并包上铁皮和倒钩。
大致类似于加大版的狼牙棒这类古代兵器。