作为一部备受争议的异形故事重启之作，《普罗米修斯》的口碑两极分化严重。专业影评人和影迷对其评价存在明显差异，其中一部分人将其视为异形系列的拔高之作，另一部分人则认为其严重背离了传统异形系列。
其口碑两极分化的重要原因之一，是关键剧情的删减。对于影迷来说，最大的遗憾就是无法看到完整版的《普罗米修斯》。据传，这部电影原长度达到四个小时，但由于投资方的要求，最终被剪辑为常规院线电影的长度。
抛开传闻中的时长来说，从目前来看，仍有许多片段被删减。例如，影片中工程师与工程师的对话、年轻时的彼得维伦的演讲、被感染的船员变异、工程师与大卫的对话等情节，直观地展现了为什么人类会寻找工程师、当时的人类文明发展到何种程度、黑水物质的作用原理以及工程师为何对小队痛下杀手。这些重要情节的删减，让观众感到奇怪，甚至直接影响到观众对电影的整体评价。
在正片片头，只出现了一位白巨人工程师，他在瀑布边喝下了圆碗物质后身体被分解，进而成为创造地球生命的起源。关于白巨人的来历、目的以及为何只有他一位等问题，都需要从删减剧情中寻找答案。蓝光花絮现了更多白巨人的场景，以及更详细的对话，这些都被删减掉了。
在电影中，彼得伟伦的角色被削减，观众对他的印象大多停留在计划启动的金主。在原故事框架中，年轻的彼德韦伦有更多的戏份。他发明了新型太阳能电池解决了能源问题，甚至攻克了癌症，几乎成为人类之神。名利无法扰动他的心绪，破败不堪的血肉之躯也无法继续支撑他那永不停歇的野心。这也是他资助肖恩博士一行人寻找创造人类的造物主工程师的原因。
电影中的人物被吐槽为太蠢，如初到陌生星球就摘下航天头盔、见到未确认生物就敢上手触摸等。这些降智行为背后的原因也是因为删减了关键情节。例如，科考队在登陆前已经对该星球的地表状况和大气成分进行了严密的勘测，但在成片中这一情节被删去，导致科考队的行为显得无脑。
对于影片中工程师一族的对话内容，导演选择让观众自行猜想对话内容而不是直接呈现字幕。通过删减片段可以整理出大致的对话内容。其中包括大卫向工程师表明他们一行人来自地球、维伦解释他来到此地寻求永生的原因以及维伦自诩为神并触怒了工程师等情节。
尽管删减留白能够给观众留下想象的空间，但是一些关键情节的删减直接导致观众无法理解前后剧情。比如人类想要和创造他们的工程师平起平坐被不能接受的深层问题，被删除后让观众难以理解。这也让人们对导演的删减行为产生了一些质疑。
《普罗米修斯》的删减剧情确实影响了一部分观众对故事的评价。导演雷德利斯科特并未推出导演剪辑版以满足观众的好奇心。对于删减关键情节的行为是否明智这一问题仍存在争议。
《普罗米修斯》的删减剧情是否影响了你对故事的评价？你又是如何看待这种删减行为的呢？