肾为作强之官，能掌管精细工作与巧妙的技巧，它附着在脊椎第十四块椎骨下，该经脉属于血气较多的经脉，骨头相合的地方正是它存在的荣耀。它在二位开启着关键之窍。
《难经》指出：肾有双枚之形，重量达一斤二两，其功能是藏精与志。正如华元化所描述的，肾是精神的寓所，生命的根本所在。
《经》中言明：肾主水，负责收纳五脏六腑之精气并储存之。只有当五脏功能旺盛时，才能其精气。这表明，肾虽能藏精，但并非生成精气的源泉。五脏六腑的精气由肾来调度和输泄，只有当输泄及时，五脏六腑的精气才能源源不断。这维持了生命力的平衡状态，使得精气得以滋养身心。
脾胃的健康对于至关重要，因为它是生化之源。《经》云：“阴之所生，本在五味”。这就好像一个钱库一样，尽管存储着重要资源，但如果无法流出财富滋养，也无法被称为有用之源。这就解释了为什么善治肾脏的人会在脾胃中寻求根源。
在《仙经》中有这样的描述：“两肾中间有一点关键，逆则炼丹养气为丹母之灵；顺则助气顺人之命。” 这正强调了肾脏的至关重要性。
命门被认为是精血之海，而脾胃则如水的归宿。这两个都是内脏的主要源头。尤其是命门作为元气的根本，是水火共存之地。五脏的阴气需要它来滋养，而阳气也需要它来激发活力。而脾胃作为中土之根，其生机需要火的滋养。就像春气从下开始生发，万物得以生长一样，命门之阳气正是脾胃的根基所在。
对于命门的研究与理解非常重要。《经》中提到了命门的火候，也就是元阳之所在，即生命的火源。但因个体差异，元阳的强弱有所不同；阴阳的平衡也会影响疾病的轻重与治疗的方法。命门还有生气之说，这就像天地之间的气息一样，不断运转与更新。阳主动而阴主静，阳主升而阴主降。只有不断流动与升腾的阳气才能带来生机。
在结构中，命门也有其独特的门户作用。《经》提到：如果仓库无法储存食物，那么其门户就不再重要；如果水泉无法停止流动，那么就无法正常工作。因此当出现诸如不通、滑泄不禁等问题时，都是因为阴阳失衡、水火失调所致。在这种情况下，需要通过壮水或益火的方法来恢复身体的平衡与健康。
《医旨绪余》一书中提到的心包络和膻中也是重要的器官。《难经》虽然提到了心包络的存在但未详细描述其形态。然而从其他医学典籍中我们可以得知心包络是心脏周围的膜状结构它帮助心脏完成其功能而膻中则是心包络的别称是君主之外的臣使之官它帮助调节情绪与心理状态。而三焦则被认为是水道的开闭通道掌管着水液的正常流动它被视为一个空间存在而不是有形实体主要发挥着运输与调控水液的功能但事实上是否存在也一直在争议中这也反映了古人对事物的探索与理解过程以及他们对生命奥秘的探索精神。