仙剑奇侠传二的故事终于迎来了，长久以来的等待即将画上句点。回首往昔，仙剑2的沉寂或许源于其剧情的稳健，若能再添几分创意与激情，或许便能掀起另一波热潮。
故事继续着，峨眉山的清静师太忧心忡忡，她感知到开封即将有变，急召门下弟子小虎等人前往探查。
开封之路，已成妖魔的领地。妖怪横行，甚至有妖举办食人宴，将王小虎及其同伴视为盘中餐。这其中，尤以一只猫妖最为猖狂，其菜式之诡异令人不寒而栗。
面对路上的妖物增多，王小虎决定采取策略。他让李忆如使用隐身蛊，三人如幽灵般潜入摩诃禅寺。
隐身之后，三人悄无声息地来到了内。他们发现苏媚正与千叶喻南松交谈。小虎直觉苏媚可能对千叶不利，正欲上前阻止，却被沈欺霜拦下，示意他静观其变。
提及王小虎，虽外表给人以憨厚正直之感，但若细加观察，便会发现其过于信任他人。此种性格极易被人利用，若非身边常有提醒，即便武功再高，也难逃被坑的命运。
随着苏媚与千叶的对话展开，真相逐渐浮出水面。这所谓的悬念，其实早已被玩家所猜透。
孔璘陨落，李逍遥身受重伤。现今世上，已无人是千叶的对手。千叶露出真面目，欲成为这世界的者。
喻南松念及旧情，试图劝说小虎等人归顺。然此路不通。喻南松未曾料到，小虎等人在峨眉山修炼后功力大增，竟能与之抗衡。
更令他惊愕的是，千叶竟在背后偷袭，视其为无用之人。此时此刻的摩诃禅寺内发生了一场大战。
随着千叶发动禁咒空间，众人被困其中。喻南松身受重伤时提出唯有牺牲方能破阵。最后他说起怀念杭州旧日时光，然后辞世。其生平颇具悲剧色彩：早年，投靠千叶后更是沦为棋子。
此时苏媚为救众人而选择自我牺牲。她用使三人昏迷后独自破阵。此处的挑战虽无小怪阻拦，但破阵仍需智慧。
苏媚破阵后下落不明。三人坚信她未死，决定寻找她。离开此地后便是摩诃禅寺的出口。
禅寺内的通道里藏着游戏最后的迷宫挑战。幸运的是这一代的迷宫并不难解。
接下来是两场boss战。第一个是啸狼，原是孔璘的手下。另一个则是三面怪，给玩家带来了一些挑战。
经过一系列的挑战后终于来到与千叶的决战。战斗中传来了一个神秘声音呼唤女娲娘娘相助。这个声音究竟是谁发出的？在这两代游戏中能被称为王小虎等人为孩子的女性角色中林月如、赵灵儿、清柔师太、圣姑、李皆有可能。
击败千叶后便是结局动画了。动画中展现了王小虎与沈欺霜的深情画面以及李逍遥一家重返仙灵岛的温馨场景。
在故事尾声中王小虎和沈欺霜仍不放弃寻找苏媚的踪迹他们坚信她仍在世间某处。在两人离开峨眉山之际一条小狐狸出现这一幕可能是苏媚留给他们的希望之兆...
至此游戏圆满落幕为这段旅程画上了完美的句号。