在仙剑奇侠传四的序幕中，琼华派掌门以八大门派之姿，铸造了羲和与望舒两大神剑，并任命门派内两位杰出的弟子为剑魂，其中玄霄执掌羲和，而夙玉则掌管望舒。
当两位剑魂守护者共同面对妖族进攻时，却发生突变。夙离门派，掌门殉道，云天青与夙玉亦逃离仙山，隐匿深谷。这背后的原因，却深藏不露。
之后，云天青与夙玉隐居山谷，育有一子，即我们所熟知的主人公——云天河。而他们的离去并非偶然，而是源于常年钻研阴寒导致的身体寒气累积。
云天青因长期运用此种术法，深受寒症困扰，身体状况逐渐恶化。他孤身一人在荒野生活，无父无母、无人作伴，只能靠度日。
某天，家族中以盗墓为业的韩菱纱得知了关于剑仙陵寝的秘密。她心生贪念，闯入了云天青与夙玉的旧居——青鸾峰，打破了那里的宁静。
机缘巧合之下，她和云天河误入云天青的墓室，唤醒了剑魂，引发了一连串震动反应，甚至引来妖界的关注。墓穴崩塌后，他们失去了家园，于是选择离开故乡，开始游历江湖。
在旅途中，他们经过太平村时因云天青行为不羁被家族驱逐。与此妖界攻击来临，幸运的是他们被修为精湛的修仙者所救。
云天河和韩菱纱历经磨难后，更加坚定了追求武艺高超、探索神秘世界的决心。他们在小县城结识了另一位女主角柳梦璃。
柳梦璃气质端庄、知书达理，与韩菱纱和云天河虽各具特色，但在相处中他们的观念非常契合。于是他们常常齐心协力完成各类任务。
最终，柳梦璃决定与他们一同上路。面对云天河的特殊身份，琼华派掌门夙瑶为他提供了一次试练机会。
优秀弟子慕容紫英刚毅、保守严谨而内心仁慈，他担任了教导他们族内绝技的任务。
在接下来的日子里，他们坚守在门派修炼。某天云天河感受到望舒剑的异常震动后，他们来到了琼华派的禁地。在这里他们见到了玄霄和其他历史人物。
玄霄拥有解封之力但需三样至阴至寒的宝物来压制其内火。得知这一消息后云天河决定寻找这些宝物以解救玄霄。
在寻找宝物的过程中他们遇到了景阳——一个与仙剑奇侠传三有紧密联系的人。虽然景阳生活拮据但他却有着一个——他的后代中会出现一个首富。
韩菱纱的身体每况愈下而柳梦璃则恢复了记忆发现自己原来是妖界的少主。她决定回到妖界但云天河不舍她离开发誓要去妖界寻找她。
经过一番努力他们找到了柳梦璃并揭开了琼华派背后的。仙妖大战爆发后柳梦璃肩负起守护妖界的重任不得不与小伙伴们告别。
云天河体质特殊他能够抵挡住两大神剑的力量只有他能够结束这一切。虽然他与玄霄实力悬殊但他最终还是站了出来与之一战。
在决战中九天玄女出现琼华派掌门被天界降下天火焚烧琼华仙山。为了保护人类云天河引爆琼华仙山自己也因光照失明。
百年之后柳梦璃回到青鸾峰物是人非而慕容紫英则即将羽化成仙。她在云天河的小木屋前看到两座坟墓心中悲痛万分之时屋门缓缓打开...