操作流程繁琐
OA系统涵盖了众多功能模块，如公文流转、审批流程、考勤管理等。为了满足这些功能需求，系统的操作流程设计得相对复杂。员工请假申请需要经过多个部门的审批，不断切换页面、填写信息，既浪费时间，也容易引发员工不满情绪。
功能不实用
一些OA系统在开发过程中追求功能全面性，添加了许多看似高大上但实际很少使用的功能。项目管理模块设计得过于复杂，对大多数企业来说功能冗余。一些OA系统的功能更新不及时，无法满足企业不断变化的业务需求。随着移动办公的兴起，员工希望随时随地处理工作事务，但一些老旧的OA系统在移动端的功能支持不足。
响应速度慢
在企业日常办公中，员工频繁使用OA系统进行操作。如果系统响应速度慢，会严重影响员工的工作效率。提交审批申请时，系统长时间无反应，员工不得不等待，不仅浪费时间，还可能导致工作延误。响应速度慢可能源于服务器性能不足、网络带宽受限或系统代码优化不到位等问题。
频繁出现故障
OA系统一旦出现故障，可能导致企业办公流程中断，带来损失。例如，公文无法正常流转、审批流程停滞、考勤数据丢失等。故障可能源于系统的稳定性差、维护不及时或软件漏洞未及时修复等问题，不仅影响员工对OA系统的信任度，也增加企业管理成本。
不能满足企业特殊需求
不同企业有不同的业务流程和管理需求，而一些OA系统在设计时缺乏个性化定制能力，难以满足企业的特殊需求。如某些企业的审批流程复杂，需要根据业务类型和金额进行多级审批，但现有OA系统无法实现。一些企业需要与其他软件系统进行集成，但一些OA系统的开放性不足，集成困难。
界面风格单一
许多OA系统的界面风格单一，缺乏个性化设计。员工面对同样的界面容易产生审美疲劳。界面布局不合理、信息展示不清晰也会给员工使用带来不便。如菜单和按钮排列混乱、颜色搭配不协调等。
尽管OA系统存在一些问题，但在规范办公流程方面发挥了重要作用。通过OA系统，企业可以标准化和规范化各种办公流程，提高工作的协和效率。OA系统可以实现信息共享、数据统计分析和远程管理与监控等功能，为企业管理和决策提供支持。OA系统还有助于减少人力和办公成本，提高资源利用率和保障数据安全。行业普遍使用以及员工习惯和适应也是OA系统广泛应用的重要因素。