14. 面对非特异性扩增条带,如何提升产物特异性?
通过以下措施,可增强PCR产物特异性:
利用AST工具分析引物的3’端是否与目标位点外的序列存在互补,若存在,则需重新设计引物或调整PCR反应条件。
完善PCR反应条件,包括设置梯度退火温度和时间,减少PCR循环次数,采用touchdown PCR技术,或者改用两步法PCR。
对模板用量进行合理调整也是重要一环。
15. PCR产生错误时,应如何应对?
为避免PCR过程中的错误,建议采用高保真酶,并注意以下影响因素:
过度循环可能导致PCR产物量增加,从而降低聚合酶效率并导致错误。过高的Mg2+浓度也可能影响酶的校正活性。模板DNA损伤、引物质量与特异性等问题也应得到关注。
在分析或回收PCR产物时,尽量减少紫外线照射时间,以保护模板DNA免受损伤。
16. PCR扩增无目的条带的原因是什么?
PCR扩增无目的条带的产生可能与以下因素有关:
模板方面:若模板中含有杂蛋白质、Taq酶抑制剂、未彻底变性的核酸或靶序列存在变异等,都可能影响PCR的有效扩增。
引物方面:引物设计不合理,如长度不足、形成二聚体等,需重新设计高质量、高纯度的引物,并确保引物的存储条件适宜。
酶的活性与PCR条件:酶失活或PCR条件设置不当(如变性、退火、延伸等环节的参数设置不合理)也可能导致无目的条带的产生。
17. 如何改善PCR产物电泳出现的拖尾现象(“Smear”)?
拖尾现象通常是由于引物设计不合理、PCR条件不理想或过度循环造成的。为改善此现象,可采取以下措施:
减少模板添加量、提高退火温度、采用touchdown PCR、减少PCR循环数、重新设计引物以及重新扩增PCR产物等。
18. PCR扩增出现假阳性的原因是什么?
假阳性条带通常与目的序列条带大小一致,且有时条带更整齐、亮度更高。其产生原因可能包括:
引物设计不合理:若选择的扩增序列与非目的扩增序列具有同源性,扩增出的PCR产物可能为非目的性序列。靶序列或引物过短也可能导致假阳性。
出现污染:PCR过程中可能发生交叉污染或空气中的核酸污染,导致假阳性结果。